内控专项审计和财务报表审计均是关注财务报表质量和审计风险，其目标都是为了合理保证财务报告及相关信息的真实、完整性。那么，就具体而言，内控专项审计与财务报表审计的区别有哪些呢？

内控专项审计和财务报表审计之间的区别，主要存在以下几点：

1、审计目的不同

企业进行内控专项审计，主要是为了让注册会计师在内部控制审计中了解和测试内部控制，对内部控制发表有效的审计意见，让企业能够及时改正。

财务报表审计是为了识别、评价和应对重大错报风险，以此确定实质性程度的性质、时间安排和范围，并获取与财务报表是否在所有重大方面按照适用的财务报告编制基础编制相关的审计证据，以支持对财务报表发表的审计意见。

2、审计目标不同

内控专项审计直接评价的是内部控制能否保障资产、资金的安全，其目标对象是内部控制，而资产、资金只是作为中间的观察对象而存在。

财务报表审计直接评价的是财务报表，或者说直接评价资产、资金本身的安全状态，其目标对象是资产、资产本身。

3、审计结果不同

内控专项审计既要保障资产、资金的安全，又要保障其资金或资产在流转过程的安全，所以内控专项审计要审查企业财务所有的资金。

财务报表审计主要评价财务报表所反映的存量资产、资金的安全，一般不评价资产、资金在流转中的增值性。

4、对控制缺陷的评价不同

内控专项审计中，注册会计师应当评价识别出的内部控制确定是否构成一般缺陷、重要缺陷或重大缺陷。

在财务报表审计中，注册会计师需要确定识别出的内部控制缺陷单独或连同其他缺陷是否构成值得关注的内部控制缺陷。